比較常見的問題是過濾系統能力不足，或飼養密度和投餌量過大，有機物排放量超過了系統的自凈能力，水體開始富營養化。解決的方法，一是加強生物過濾（還可以配合物理吸附等輔助手段），二是降低飼養密度和投餌量，另外，就是通過換水稀釋，這是較簡單而有效的方法，但過度依賴換水來維持水質，會降低系統的穩定性。

有機物濃度偏高，雖然對大多數魚沒有什麽直接影響，但卻是一個不可忽視的隱患。水中常見的纖毛蟲，在有機物濃度高的情況下容易大量繁殖，這是水族箱中爆發纖毛蟲病（如白點病）的重要原因。另外，由於生物耗氧量大，各種好氧微生物和魚爭氧，對魚的健康不利，魚的抵抗力下降，也容易得病。有機物濃度高還為各種致病菌和條件致病菌的大量繁殖提供了有利條件，在這種環境中，魚兒易患水黴病和細菌性腸炎等疾病，有些微生物，如葡萄球菌、鏈球菌、沙門氏桿菌、痢疾桿菌等，會產生多種外毒素和內毒素，對魚有直接的危害。此外，富營養化還會造成水體透明度下降，影響水生植物的光合作用，也不利於觀賞。

水質的穩定在很大程度上依賴微生態系統的穩定。微生態系統的穩定主要表現在以下幾個方面：

1、能夠適應短時間的外部變化的壓力，保持自身生存的能力並保持系統集體性狀的完整性；

2、對環境壓力具有抵抗性和修補能力。環境壓力沒有超過一定範圍時，系統可以抵抗這種壓力保持穩定，如果環境壓力超過其可抵抗的範圍，由於某些微生物類群的死亡或失去活性，系統的部分功能喪失，此時系統的剩余部分又可與新出現的類群組成一個完整的生態系統，即進行修補；

3、可根據環境的變化做出適應性調整，如跟隨季節變化的周期性調整。

穩定性和微生物的多樣化有關，一個穩定的系統，其微生物的種類表現出高度的多樣性，不會因為個別種群的變化影響整體結構。當微生物的種類達到某個程度，並形成相對均衡的結構，系統才能獲得比較高的穩定性。

開缸後具體需要多長時間系統才能達到穩定很難說，也許一個月，也許幾個月，有的水族箱甚至長期處於不穩定狀態。影響系統穩定的因素很復雜，比較常見的是生物過濾系統薄弱，負荷能力不足，此外，隨便增加魚只數量或頻繁更換品種；飼餵不定時不定量；不及時換水；過度清洗濾材；過濾器時開時停；以及隨便在缸內用藥等不當的做法，都會妨礙系統的穩定性，甚至造成系統的崩潰。

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